超级电容电池的缺点和它的优点一样明显。
由于超级电池过快的放电速度和过低的内阻，如果设计不好的话，本身就蕴含着“能量突然大爆发”所隐藏的风险。超级电容放电可以非常快，最大输出功率可达24KW/Kg，一个50Kg的超级电容电池，最大输出功率1200KW，一脚电门踩下去，车能飞起来。自放电速度比电池快得多，通俗的说就是“存不住电”。
超级电容始终是由电容组成的，电容是是由两块电极之间夹一层绝缘电介质构成，无论如何两块电极之间都会有电子的流动，这样就会造成储存电量的减少。超级电池充满电之后过一段时间就可能没电了。不耐高温，超级电池的工作温度是-40-70℃，耐高寒，温度过高会影响工作，甚至损坏电池。最大的缺点仍然是成本。虽然世界各国都在加快超级电容的研制，但要想超级电容在民用中普及，尚需时日。
